Virologia: Des de fa cinc anys el coronavirus SARS-CoV-2 ocupa repetidament els rànquings de virus respiratori més prevalent en les infeccions agudes. Tot i amb tot, la manera com fou descrit fa que difícilment se’l pugui equiparar als altres quatre coronavirus endèmics, i manté l’estatus de virus pandèmic segons l’Organització Mundial de la Salut (OMS). És en aquest context que avui el Grup Científic Assessor Sobre els Orígens de Patògens Nous (SAGO) de l’OMS publica un report sobre els orígens de SARS-CoV-2.
Els autors
Marietjie Ventir, professora de la University of Witwatersrand, de Johannesburg, és la presidenta del SAGO. Jean-Claude Manuguerra, professor de la Unitat d’Ambient i Riscos Infecciosos de l’Institut Pasteur, n’és el vicepresident. Els altres membres del SAGO són Phillip Alviola, Abdullah Assiri, Stuart D. Blacksell, Inger K. Damon, Christian Drosten, Elmoubasher Farag, Thea Kølsen Fischer, Raman Gangakhedkar, Nada Ghosn, Maria Guzman, Christian Happi, Gladys Kalema-Zikusoka, Normand Labbe, Khin Myint, Hung Nguyen-Viet, Chinwe Lucia Ochu, Masayuki Saijo, Rosemary Sang, Kathrina Summermatter, Supaporn Wacharapluesadee, John Watson.
Aquesta llista ja ens ofereix una idea de la càrrega de la tasca. Carlos Morel dimití del SAGO el 13 de juny i demanà no ésser comptat entre els autors del report. També ho han demanat altres tres membres del SAGO: Yungui Yang, Vladimir Dedkov i Sowath Ly.
Els que sí figuren a la llista d’autors expressen el seu agraïment al Centre Xinès de Control i Prevenció de Malalties, a l’Institut de Genòmica de Beijing, a la Universitat d’Arizona, a la Universitat de Califòrnia a San Diego, a la Universitat Tècnica de Dinamarca i a la Universitat de Sidney, entre d’altres.
La pandèmia de la covid-19
El report afirma que la pandèmia de la covid-19, causada pel SARS-CoV-2 (sigles de coronavirus 2 de la síndrome respiratòria aguda severa), ha estat una de les crisis sanitàries més severes del darrer segle. El desembre del 2019 es reportaren els primers casos de pneumònia d’etiologia desconeguda de Wuhan que després serien atribuïts a la covid-19. El maig del 2023, quan l’OMS declarava que la covid-19 ja no era una emergència de salut públic d’interès internacional, la mortalitat atribuïda a la infecció per SARS-CoV-2 pujava a més de 7 milions. No obstant, les estimacions de l’OMS assenyalen que la mortalitat per la pandèmia fou d’un mínim de 20 milions.
La pandèmia de covid-19 implica una severa disrupció social. Les pèrdues econòmiques s’estimen entre 11 i 16 bilions de US$.
Ja en el mes de maig del 2020, la 73ª Assemblea Mundial de la Salut adoptà una resolució (73.1) que cridava a una aproximació d’Una Sola Salut per identificar l’origen de la introducció dels SARS-CoV-2 en la població humana. Des de llavors s’han fet tres missions científiques a la Xina, una de les quals, la de febrer del 2021, s’adreçà específicament als orígens de la covid-19. El novembre del 2021, s’establí el SAGO, integrat per 27 experts científics independents, amb la tasca de dissenyar un marc per investigar els orígens de patògens emergents.
La finalitat d’esclarir els orígens del SARS-CoV-2 és previndre futures pandèmies. El 9 de juny del 2022 el SAGO publicà un report inicial. El report d’ara és el resultat de les reunions celebrades pel SAGO, la darrera de les quals celebrada aquest mateix mes.
Ni en el 2022 ni ara ha pogut el SAGO accedir a les dades primàries, malgrat els requeriments realitzats per l’OMS. Així doncs, la base del report són essencialment publicacions científiques i reports privats o governamentals.
Les hipòtesis formulades
Les hipòtesis contemplades pel SAGO són les següents:
- 1. introducció a partir d’una font zoonòtica natural, amb un o més esdeveniments de salt, bé directe d’animals salvatges a humans, o a través d’un hoste intermediari domèstic o peridomèstic.
- 2. introducció arran d’un accident de laboratori, que s’hauria produït en el curs d’un treball de recerca de camp o d’una fallida dels procediments de bioseguretat del laboratori.
- 3. Introducció de SARS-CoV-2 en mercats animals a través de processos de cadena de fred i infecció subsegüent humana per contacte amb productes venuts als mercats.
- 4. manipulació deliberada del virus en un laboratori, seguida d’una fallida de bioseguretat de laboratori
La hipòtesi 3 fou avaluada en el report del 2022, i des de llavors no hi ha hagut noves dades a favor. Aquesta hipòtesi assum que productes congelats del Mercat de Marisc de Huanan o d’algun altre mercat de Wuhan serien l’origen de la transmissió dels SARS-CoV-2 a humans.
L’avaluació de la hipòtesi 4 demana una anàlisi de l’estructura genòmica del virus. El SAGO no ha trobat suport científic a aquesta hipòtesis, atenent que les mutacions i recombinacions indicades per la genòmica del SARS-CoV-2 han estat observades també en altres coronavirus.
El SAGO es mou, doncs, entre les hipòtesis 1 i 2. Constata que la majoria de publicacions científiques s’orienten a favor de la primera, pensant en ratpenats o en un altre hoste intermediari. Ara bé, encara no s’ha pogut concloure exactament quan, on i com el SARS-CoV-2 entrà per primera vegada en la població humana. Les soques precursores conegudes més properes genèticament han estat identificades en mostres de ratpenats de la Xina del 2013 i de Laos del 2020. Ara bé, aquestes soques són massa diferents dels SARS-CoV-2 com per què en siguin l’origen.
Les dades indiquen que el Mercat de Huanan jugà un paper en la transmissió inicial i amplificació de la covid-19, però no es pot concloure que fos l’indret de introducció originari. Els indicis metagenòmics sobre fauna salvatge venuda al Mercat de Huanan són insuficients per a proposar un hoste intermediari.
Pel que fa a la hipòtesi 2, el Govern de la Xina no ha fornit la documentació primària sobre bioseguretat dels laboratoris de Wuhan, com ara l’Institut de Virologia de Wuhan o els Centres Xinesos de Control de Malalties de la mateixa ciutat.
A cinc anys i mig dels primers casos de covid-19
Han passat més de cinc anys i mig del desembre del 2019 quan es reportaren a Wuhan els primers casos del que resultà una infecció per un nou coronavirus que rebria el nom de SARS-CoV-2. Era l’inici de la pandèmia més important del segle XXI. El SARS-CoV-2 des de llavors ha infectat milers de milions de persones, sense deixar-ne fora cap país, comunitat o família. La mortalitat reportada en els dos primers anys fou de 7 milions, però l’estimada es trobaria en una forquilla entre 14,9 i 18 milions.
Fou el 31 de desembre del 2019 quan l’Oficina Xinesa de l’OMS fou informada de casos de pneumònia d’etiologia desconeguda detectats a Wuhan (Hubei). Les anàlisis de seqüenciació genètica i filogenètics de les mostres d’aquests primers casos indicaven que el responsable era un coronavirus, concretament del gènere Sarbecovirus i del llinatge dels Betacoronavirus 2B. D’entrada, el virus fou denominat ‘coronavirus nou 2019’ (2019-nCoV) per evitar l’estigma de batejar-lo com a ‘coronavirus de Wuhan’ o ‘coronavirus de Huanan’. Les analogies amb els SARS-CoV responsable de la SARS del 2004 empenyeren el Comitè Internacional de Taxonomia de Virus a donar-li la denominació de SARS-CoV-2.
La primera publicació genòmica completa del nou virus es produí l’11 de gener del 2020 a càrrec del Centre Nacional Xinès de Bioinformació. La comparació amb les bases de dades de l’època indicava el valor més elevat de similitud genòmica, un 96,1%, amb el coronavirus de ratpenats RaTG13, procedent d’una mostra xinesa del 2013. Encara és elevada, del 96,8%, era l’homologia amb Banal-52, un coronavirus de ratpenat procedent d’una mostra laosiana del 2018.
Un equip de l’OMS es desplaçà a Wuhan el 20-21 de gener del 2020. La primera missió internacional conjunta es va fer entre el 16 i el 24 de febrer. En aquell moment el nombre de casos reportats a Xina ja pujava a 75.000.
La segona missió internacional a la Xina es va fer el febrer del 2021, amb un èmfasi sobre els orígens del virus. El novembre del 2021 es va crear el SAGO amb la finalitat de desenvolupar un marc global per a la identificació de l’origen de patògens emergents i re-emergents.
Aquest marc global fou publicat el 2024.
La metodologia del SAGO
El SAGO s’ha reunit fins ara un total de 52 vegades, amb 27 sessions plenàries i 25 sessions de grups de treball. Una tasca essencial és l’obtenció d’estudis publicats i no-publicats. Val a dir que en les discussions han primat les publicacions científiques en revistes sotmeses a peer-review. Però també s’han considerat esborranys d’articles, recerques privades i reports governamentals.
En el 2022 i el 2023 es van fer dues revisions sistemàtiques de literatura científiques, que han estat actualitzades en el 2024 i el 2025.
Primeres investigacions i casos humans
La data dels primers símptomes associats a la covid-19 ha estat determinada entre l’1 i el 8 de desembre del 2019. Dels 47 casos amb inici anterior a l’1 de gener del 2020, el 55% tenien vincles amb el mercat de Huanan. Ara bé, ja entrats en el mes de gener, la transmissió era ja independent del mercat de Huanan.
Anàlisis realitzades sobre 43.850 mostres de sang de 32.484 donants de Wuhan recollides abans del 2020 no trobaren ni un sol positiu per anticossos anti-SARS-CoV-2.
Recerques filogenòmiques sobre els primers casos identificaren dos llinatges, l’A i el B, resultants de dues introduccions independents. El llinatge B hauria estat introduït entre el 23 d’octubre i el 8 de desembre. El llinatge A hauria estat introduït dies o setmanes després.
La investigació al voltant del Mercat de Marisc de Huanan
El SAGO es plany de no haver rebut una informació precisa sobre els animals venuts al Mercat de Huanan. Cal recordar que la legislació xinesa prohibeix la comercialització de fauna salvatge en mercats com aquest.
El 30 de desembre del 2019 les autoritats xinesos entraren en el Mercat de Huanan i prengueren mostres ambientals. L’endemà fou el torn dels equips epidemiològics del CDC xinès. A la mitjanit del dia de Cap d’Any el mercat fou tancat per fer-hi una desinfecció. Es prengueren mostres de 457 animals, incloent-hi rates vives, ratolins, fures, gats, gossos, i carcasses d’ovelles, senglars, conills, etc. També es prengueren 923 mostres ambientals.
Cap de les mostres d’animals fou positiva per a la prova d’RT-PCR de SARS-CoV-2. En canvi, de les 923 mostres ambientals, hi hagué 73 positius per a SARS-CoV-2.
La detecció de SARS-CoV-2 en animals salvatges
L’anàlisi de 2328 mostres d’animals salvatges de la Xina de desembre del 2019 resultà negativa per a SARS-CoV-2. Igualment infructuosa fou la recerca de SARS-CoV-2 en altres col·leccions de fauna salvatge.
La zoonosi reversa de SARS-CoV-2
Durant la pandèmia de covid-19 ha estat reportada una situació de zoonosi reversa, és a dir d’animals infectats per SARS-CoV-2 adquirida d’humans. Ha estat el cas d’animals salvatges, de zoos, i d’animals domèstics. L’octubre del 2023 hi havien hagut 775 brots d’aquest estil, afectant 29 espècies i 36 països. També s’han reportat transmissions terciàries, com ara hàmsters contagiant el seu amo.
El caràcter multiespecífic de SARS-CoV-2 implica que reservoris salvatges com ara cérvols Odocoileus virginianus poden participar en la dinàmica de variants de SARS-CoV-2.
Investigacions genòmiques
SARS-CoV-2 seria un membre de l’espècie vírica Betacoronavirus pandemicum, el qual fa part del subgènere Sarbecovirus. SARS-CoV-2 difereix de SARS-CoV-1 i d’altres virus propers a SARS-CoV en el fet que la seva proteïna S té modificacions en domini RBD que optimitzen la seva unió al receptor humà ACE2. També és d’interès una inserció de 12 nucleòtids en aquest mateix gen que resulten en lloc FCS RRAR que facilitaria l’evasió immune.
L’evolució dels sarbecovirus contempla casos de recombinació que fan que els seus genomes puguin adquirir funcionalitats en mosaic.
Investigacions en matèria de bioseguretat
SAGO es plany de no disposar d’informació de primera mà sobre la bioseguretat de laboratoris virològics que operaven a Wuhan en el 2019. De tota manera recomanen extremar les precaucions quan es treballen amb coronavirus animals amb potencial zoonòtic.
Què ens caldria conèixer?
SAGO fa una crida per a que Centre Nacional de Bioinformació de la Xina publica les més de 500 seqüències virogenètiques d’individus afectats pel brot de Wuhan de desembre del 2019 i gener del 2020. També demanen una informació més detallada sobre les anàlisis realitzades al mercat de Huanan i altres mercats de Wuhan. Finalment, demanen informació sobre les activitat de recerca de camp i de laboratori a l’Institut de Virologia de Wuhan i al laboratori CDC de Wuhan.
Tot i amb tot, SAGO s’inclina per un vessament zoonòtic de SARS-CoV-2 com a introducció de la població humana. Això es podria haver fet directament de ratpenats o d’una espècie intermèdia. La manca de detalls sobre aquest esdeveniment zoonòtic fa que romanguem desprotegits sobre altres llinatges vírics que podrien fer el mateix pas en qualsevol moment.
Lligams:
- Independent assessment of the origins of SARS‑CoV‑2. Scientific Advisory Group for the Origins of Novel Pathogens (SAGO).
- WHO Scientific advisory group issues report on origins of COVID-19, comunicat de premsa de l’OMS.
Cap comentari:
Publica un comentari a l'entrada