Microbiologia: El projecte de ciència ciutadana ‘Swab and Send’ recull des del 2020 hisop collits pels seus participants i que són tramesos després a la Liverpool School of Tropical Medicine. Un exemple de la recerca que fan la podem trobar en un article publicat aquesta setmana a la revista Antibiotics, amb Amy McLeman com a primera autora. McLeman et al. isolaren a partir d’un hisop de Swab and Clean una soca bacteriana que identificaren dins de l’espècie Paenibacillus polymyxa. Aquesta espècie produeix les substàncies antimicrobianes polimixina E (=colistina) i polimixina B, d’importància clínica en el tractament d’infeccions per patògens gram-negatius multiresistents. McLeman et al. feren assaigs en placa d’agar i de cultiu líquid per veure si la soca P. polymyxa 1G presentava activitat contra Escherichia coli i contra soques resistents. Alhora feren una seqüència del genoma de 1G, i una anàlisi per espectrometria de masses del sobrenedant del seu cultiu. La soca P. polymyxa 1G era activa contra E. coli en agar i en cultiu líquid. Ara bé, no ho era pas amb soques d’E. coli que contenen els gens mcr1 i mcr4, que confereixen protecció contra la colistina. Dedueixen la producció d’una polimixina A, identifiquen un clúster de gens relacionat i troben indicis moleculars de polimixina A1 i A2.

McLeman et al. identifiquen pics corresponents a la polimixina A1 (1157 m/z) i a la polimixina A2 (1143 m/z) en el sobrenedant de cultius de ‘P. polymyxa’ 1G. Malauradament, no són capaces d’actuar contra soques enterobacterianes resistents a la colistina.
Swab and Send i la necessitat de trobar nous antibiòtics
La resistència a agents antimicrobians és una de les grans amenaces a la salut humana, i hom estima que en el 2050 hi haurà 8,22 milions de morts anuals per aquesta causa. Cal trobar nous antibiòtics, especialment contra bacteris gramnegatius. El medi natural és el reservori de bacteris i fongs encara no descrits que podrien produir nous antibiòtics.
Fou així com en el 1947, Y. Koyama va poder descriure la polimixina E (= colistina), antibiòtic produït pel bacteri grampositiu Paenibacillus polymyxa (=Bacillus polymyxa). Aquesta espècie també produeix fusaricidina i altres polimixines. En el mateix 1947, Benedict i Langlykke identificaren una polimixina en sobrenedant de cultiu de P. polymyxa. Hom ha descrit cinc clústers de gens responsables de la biosíntesi de polimixines.
L’ús de la colistina decaigué a partir dels anys 1980, en valorar-se que era excessivament tòxica. En efecte, les polimixines presenten sovint toxicitat renal o neural, i generen respostes al·lèrgiques.
En l’actualitat les polimixines (polimixina B, colistina) s’utilitzen per tractar infeccions de bacteris gramnegatius resistents a carbapenems enteses com a ‘darrera línia de defensa’. Urgeix trobar polimixines amb un perfil menys tòxic.
A partir dels anys 1950, les polimixines han estat emprades en agricultura contra bacteris patògens de cultius. Això ha promogut l’aparició de resistències. Un element genètic d’aquesta resistència són els gens mcr, gens presents en plàsmids i que es difonen per transferència horitzontal.
Investigar noves variants de polimixines pot ajudar a diversificar l’arsenal d’agents antimicrobians contra Enterobacterales.
P. polymyxa 1G
La soca P. polymyxa 1G fou isolada de l’hisop d’un dipòsit de carbó pres el 2019 en el marc del projecte Swab and Send. L’isolat generava una zona d’inhibició en placa d’agar de la soca E. coli NCTC86. L’assaig CFS indicava una reducció del creixement del 99%.
La seqüenciació del gen ARNr 16S indicava que la soca pertanyia a l’espècie Paenibacillus polymyxa. La seqüenciació genòmica ulterior en plataforma Illumina-Oxford Nanopore generà un cromosoma complet i tancat de 6.088.001 pb.
L’isolat fou cultivat en medi M9 amb glucosa com a font de carboni durant 2 setmanes. L’anàlisi per espectrometria de masses del sobrenedant indicà la presència de dos compostos semblants a la colistina. Aquests dos compostos serien polimixina A1 i polimixina A2.
L’anàlisi bioinformàtica del genoma indicava un clúster gènic responsable de la biosíntesi d’aquestes polimixines. Aquest clúster és format pels gens pmxA, pmxB i pmxE, i per dos gens de transportadors de tipus ABC. Els tres gens pmx codifiquen regions diferents de la polimixina.
P. polymyxa 1G contra vuit isolats resistents a la colistina
McLeman assajaren el sobrenedant (CFS) de P. polymyxa G1 contra vuit isolats d’E. coli resistents. El sobrenedant no era efectiu contra les soques resistents amb gens mcr. Tampoc no era amb una soca resistent sense aquests gens.
El valor de la biodiversitat
Les polimixines A1 i A2 de la soca 1G són semblants a altres polimixines A prèviament isolades. Disposar d’un bon nombre de variants és interessant ja que algunes d’elles podrien presentar un perfil nefrotòxic menys desfavorable. Certament, però, les polimixines de la soca 1G no poden fer front a bacteris que tinguin gens mcr, o altres gens de resistència.
Lligams:
- Antimicrobial Activity of a Polymyxin A-like Compound and Characterisation of the Cognate Biosynthetic Gene Cluster Within the Genome of the Producing Paenibacillus polymyxa. Amy McLeman, Alexander D. H. Kingdon, Robin Hoeven, George Taylor, Ellie Allman, Issra Bulgasim, Claudia McKeown, Richard N. Goodman, Sabrina Moyo, Adam P. Roberts. Antibiotics (2026)







