El laboratori de Paola Arlotta fa recerca sobre desenvolupament del neocòrtex cerebral humà, amb un enfocament d’enginyeria de teixits. Un exemple d’això és el seu treball sobre organoides cerebrals: aquests sistemes in vitro poden constituir un model sobre el desenvolupament del cervell humà, tal com expliquen en un article publicat a Nature aquesta setmana, amb Irene Faravelli com a primera autora. El desenvolupament i maduració del cervell humà segueix un període de gairebé vint anys, amb tot una sèrie de processos específics que difícilment es poden seguir en models animals. Faravelli et al. han mantingut en cultiu alguns organoides cerebrals humans durant cinc anys en el decurs dels quals, amb condicions òptimes de creixement, han assolit una considerable extensió de la viabilitat de neurones excitatòries. Faravelli et al. han seguit l’evolució transcriptòmica dels diferents tipus cel·lulars. És remarcable que els perfils de metilació genòmica es corresponguin a l’edat del propi organoide. Quan generen organoides quimèrics amb progenitors neurals de diferents edats, els progenitors vells es diferencien en neurones ràpidament, com si guardessin una memòria del temps que ja havien passat in vitro. Faravelli et al. confien que els seus organoides podran persistir en bones condicions de cultiu durant molts anys.

Faravelli et al. han seguit la maduració progressiva al llarg de cinc anys de cultius d’organoides d’escorça cerebral humana
Els organoides com a model
El desenvolupament del cervell humà, com el de qualsevol altre òrgan, és orquestrat per programes transcripcionals definits per ones d’expressió gènica regulades en l’espai i en el temps. Aquests patrons d’expressió gènica són el fruit de canvis dinàmics ben coordinats en l’activitat d’elements reguladors i en la remodelació epigenòmica. En el cervell això es tradueix en l’aparició a temps oportú de diferents tipus cel·lulars neurals, que maduren progressivament.
Una diferència remarcable del cervell humà en comparació amb altres espècies de mamífers és la lentitud de desenvolupament i maduració. Les neurones de l’escorça cerebral requereixen anys per arribar a la plena maduració.
Aquest ritme lent de maduració s’observa també en tots els tipus cel·lulars derivats de cèl·lules mare pluripotencials humans (hPS). Hi ha barreres epigenètiques que forcen la lentitud de la maduració neuronal humana. També hi contribuiria la taxa del metabolisme mitocondrial.
A mig camí de l’òrgan in vivo i dels cultius cel·lulars, els organoides podrien ser un bon model per entendre la base molecular d’aquest procés. És una recerca pacient, val a dir, i en aquest article Faravelli et al. aporten informació epigenètica, estructural i funcional sobre organoides corticals humans de més de cinc anys d’existència. Segueixen el transcriptoma de cèl·lules individuals, i constaten que progenitors procedents d’organoides vells mostren una memòria del desenvolupament previ.
L’envelliment dels organoides en cultiu in vitro
Els organoides cerebrals humans segueixen el ritme lent i neotènic del cervell humà endogen pel que fa al desenvolupament i maduració. En la majoria d’estudis això no s’arriba a copsar, ja que no se’ls segueix més que durant uns mesos. Faravelli et al. desenvoluparen un protocol de cultiu a llarg termini, i alguns dels seus organoides ja han arribat als 5 anys d’edat.
Faravelli et al. han estudiat ara uns 34 organoides, amb edats de 6 mesos, 9 mesos, 1 any, 18 mesos, 2 anys, 3 anys, 4 anys i 5 anys, mitjançant una anàlisi de seqüència d’ARN d’una sola cèl·lular (scRNA-seq). Prèviament, disposen de dades d’uns 76 organoides de 15 dies a 6 mesos d’edat. La base de dades completa és, doncs, de 110 organoides, dels quals hi ha anàlisis de scRNA-seq de 424.720 cèl·lules.
Existeixen dades transcriptòmiques d’escorça cerebral humana endògena. Faravelli comparen els organoides amb aquestes dades:
- els organoides de 15 dies a 2 mesos són comparats amb cervells fetals humans del primer trimestre de gestació.
- els organoides de 3 a 6 mesos, a cervells fetals del segon trimestre.
- els organoides de 9 mesos a 5 anys, es corresponen a edats prenatals i postnatals.
La correspondència cronològica entre el desenvolupament in vivo i in vitro és remarcable. Els organoides de més de 12 mesos de cultiu presenten un transcriptoma anàleg al del cervell post-natal.
La metilació d’ADN, particularment en llocs CpG associats a l’edat, constitueix un rellotge epigenòmic de l’edat biològica. Si el metiloma és dinàmic en el primer desenvolupament, tendeix després a uns nivells alts i estables en la vida post-natal. Faravelli et al. han fet seqüenciació genòmica amb bisulfit (WGBS) d’organoides d’edats situades entre 3 mesos i 5 anys: el patró de metilació s’assembla al constatat in vivo.
En els organoides també es constata l’existència de regions de metilació diferenciada segons el tipus cel·lular (cdDMRs). Faravelli et al. identifiquen 213 DMRs correlacionades amb l’edat en els seus organoides. Observen també una metilació CpA progressiva en 1383 posicions.
Els rellotges epigenètiques Horvath (per a tots els teixits) i els específics de cervell fetal humà o per a escorça cerebral humana, prediuen unes edats de metilació d’ADN que correlacionen força amb el temps de cultiu de l’organoide.
La composició cel·lular dels organoides
Faravelli et al. han comprovat per scRNA-seq que en els seus organoides corticals hi ha presència dels diferents tipus cel·lulars esperables.
Els astròcits i els progenitors glials són ben presents en els organoides corticals de 5 anys de cultiu. Transcriptòmicament s’assemblen força als dels teixits vius. Els organoides d’aquesta edat presenten trets de maduració glial i mielinització.
Pel que fa a les neurones, les condicions de cultiu CDM4 comporten que en els organoides hi hagi un declivi progressiu de les poblacions neuronals. Tot i amb tot, en els organoides de 5 anys romanen els marcadors de neurones inhibidores i excitadores. Per immunohistoquímica, Faravelli et al. detecten el marcador NeuN i el marcador SATB2 en organoides de 5,8 anys de cultiu.
Quan els organoides són cultivats en medi BrainPhys suplementat amb GlutaMax, al cap de 9 mesos Faravelli et al. detecten un augment de neurones de projecció cal·losal. Això implica un augment del nombre de neurones actives. L’observació per microscòpia electrònica indica un augment de la densitat sinàptica. La microscòpia de fluorescència indica també un augment de la complexitat neuronal en termes d’arborització morfològica (longitud de neurites, nombre de braques terminals). Tot plegat condueix a definir unes condicions de cultiu permissible amb l’activitat neuronal que seria òptim per aprofitar els organoides com a model del funcionament cortical. Efectivament, organoides cultivats en aquestes condicions durant 2 anys retenen l’activitat neuronal, i a més ho fan amb un perfil diferent del dels organoides més joves.
La retenció del temps de desenvolupament
Molts models d’embrió (ratolí, pollastre) assenyalen que els diferents llinatges cel·lulars acumulen amb el temps una major restricció del seu potencial de diferenciació. Faravelli et al. mostren que això també passa en els seus organoides.
Faravelli et al. han generat organoides quimèrics que integren progenitors de diferents edats. Aquests organoides tenen com a base un sistema quimeroide ex vivo de ratolí. Els quimeroides humans de Faravelli et al. són el resultat de la barreja de cèl·lules velles (procedents d’organoides de 9-12 mesos d’edat) o cèl·lules noves. Els quimeroides monocrònics vells presenten un perfil semblant als organoides de 9 mesos: els progenitors acaben per generar astroglia, com si retinguessin l’edat de l’organoide d’on procedien. En els quimeroides heterocrònics, cada progenitor respon d’acord amb l’edat de l’organoide de partida, però hi ha senyals que indiquen que els progenitors joves rejoveneixen un xic el programa dels progenitors vells.
Faravelli et al. ens mostren l’existència d’un rellotge intern al si de cada cèl·lula d’organoide que influeix en els seus patrons d’expressió gènica.
Lligams:
- Human brain organoids record the passage of time over multiple years. Irene Faravelli, Noelia Antón-Bolaños, Anqi Wei, Tyler Faits, Abhishek Sampath Kumar, Sophia Andreadis, Rahel Kastli, Marta Montero Crespo, Mara Steiger, Daniel Leible, Elizabeth Zhang, Bobae An, Yaron Meirovitch, Sayara Silwal, Sung Min Yang, Alexander Kovacsovics, Xian Adiconis, Helene Kretzmer, Joshua Z. Levin, Edward S. Boyden, Jeff Lichtman, Aviv Regev, Alexander Meissner & Paola Arlotta. Nature (2026).







