Microbiologia: La tasca continuada que fa la Divisió de Malalties Bacterianes de l’Agència de Quarantenes Animals i Vegetals del Ministeri d’Agricultura, Alimentació i Afers Rural de la República de Corea, amb seu a Gimcheon, combinada amb l’aportació de Tatsuya Unno, del Departament de Ciències Biològiques i Biotecnologia de la Universitat Nacional Chungbuk, ab seu a Cheongju, els ha permès presentar en un article a Frontiers of Microbiology les tendències evolutives i els determinants genètics en la resistència a cefalosporina de tercera generació d’isolats d’Escherichia coli procedents de bestiar domèstic al llarg del període de 14 anys que va del 2010 al 2023. L’estudi d’aquests isolats es fa en el context del concepte d’una sola salut, en el benentès que els enterobacteris presents en el bestiar domèstic tenen un potencial de transmissió als éssers humans a través de la cadena alimentària. Especialment perillosos són els enterobacteris resistents a cefalosporines de tercera generació. En aquest article, Kim et al. posen de manifest que la resistència és més prevalent en E. coli isolada de pollastres o de porcs, que no pas de bestiar boví. En la darrera dècada hi ha un augment de la prevalença de la resistència en E. coli isolada d’aviram sa. Prèviament, en el 2014, Kim et al. constaten un desplaçament en els genotips amb beta-lactamases d’ampli espectre (ESBL), de forma que blaCTX-M-14 desplaçà blaCTX-M-15 com a variant predominant. La majoria dels isolats resistents són, a més, multiresistents, de forma que són resistents no tan sols a la cefalosporina de tercera generació sinó també a fluoroquinolones i colistina. Aquests determinants de resistència són mitjançants per plàsmids IncF i Incl1, associats amb elements genètics mòbils com ISEcp1 o IS26: això fa que siguin altament transferibles. Els llinatges prevalents són ST752, ST457 i ST10. La multiresistència s’explicaria per megaplàsmids que combinen gens ESBL, mcr-1, gens resistència a metalls i de factors de virulència. D’aquesta forma l'E. coli multiresistent constitueix una amenaça emergent.

Esquemes d’alguns dels plàsmids isolats per Kim et al.
Escherichia coli
E. coli és l’espècie de bacteri més profundament coneguda. És un bacteri comensal facultatiu versàtil que habitat predominantment en els tractes gastrointestinals d’humans i animals. És un patogen oportunista, i se la considera una espècie sentinella en la monitorització de la resistència a agents antimicrobians. Darrera de no poques intoxicacions alimentàries hi ha la disseminació de gens de resistència a través de la cadena alimentària.
L’abús d’antibiòtics en la ramaderia intensiva genera una pressió selectiva en favor de l’aparició de soques resistents. L’Organització Mundial de la Salut considera les cefalosporines de tercera generació (3GC) com a antimicrobians d’importància crítica en el tractament d’infeccions bacterianes severes en medicina i veterinària. La proliferació de beta-lactamases d’ampli espectre (ESBLs) de tipus CTX-M posa en entredit la seva eficàcia.
Kim et al. ofereixen dades d’un seguiment de 14 anys (2010-2023) de soques d’E. coli resistents a 3GC de diversos animals domèstics de Corea del Sud.
El Sistema Veterinari Coreà de Monitorització de Resistència a Antimicrobians
Són 16 els laboratoris o centres que participen en aquesta monitorització. Treballen sobre carcasses bovines, porcines, de pollastre i d’ànec, així com de femta. Prenen mostres en hisop, i després proven de cultivar-les en àgar MacConkey. La identificació de soques d’E. coli les fan per MALDI-TOF.
En aquests 14 anys, s’han collit 15.397 isolats d’E. coli.
De cada isolat es fan proves de susceptibilitat a un ventall d’agents antimicrobians (cefoxitina, cloramfenicol, ciprofloxacina, colistina, gentamicina, àcid nalidíxic, estreptomicina, tetraciclina i trimetroprim/sulfametoxazol).
Per a un total de 214 soques resistents a 3GC, es realitzen PCRs per a identificar els tipus de gens blaCTX-M.
La transferibilitat dels gens bla era assajada en experiments d’aparellament sòlid, utilitzant E. coli J53 com a soca receptora.
PCR múltiplex i seqüenciació pel mètode de Sanger permeten determinar el context genètic dels gens ESBL.
El tipatge de seqüència multi-locus (MLST) fou realitzat sobre 214 soques resistents a 3GC. Aquest tipatge incloïa set gens de referència (adk, fumC, gyrB, icd, mdh, purA, i recA).
Alguns dels isolats d’E. coli foren seqüenciats en la plataforma Illumina.
Les tendències evolutives
La resistència a 3GC en E. coli és de baixa prevalença en bestiar boví, però és més habitual en porcs i pollastres. La resistència és més prevalent en soques procedents d’animals malalts que no pas d’animals sans. En els darrers anys la prevalença en pollastres sans ha passat del 5% al 10%.
Kim et al. han identificat un total de nou variants de gens blaCTX-M. A partir del 2014 constaten un augment de la prevalença de la variant blaCTX-M-55.
Els isolats que produeixen CTX-M tendeixen a presentar co-resistència envers altres agents antimicrobians.
La transferibilitat dels gens CTX-M és desigual. Això s’explica pel fet de trobar-se en diferents tipus de plàsmids. En conseqüència, també són diferents els ambients genètics.
Les soques resistents a 3GC són molt diverses genèticament: de 174 soques analitzades en resulten 64 tipus diferents. Per exemple, el gen blaCTX-M-55 es troba en llinatges diferents com ST457, ST2170 i ST10.
La seqüenciació genòmica de cinc soques resistents a 3GC posa de manifest que contenen megaplàsmids d’uns 500 kbp de mida. Aquests megaplàsmids contenen un ampli rang de gens de resistència a agents antimicrobians, així com de gens de resistència a metalls. Els genomes també contenen determinants de factors de virulència.
Kim et al. recorden que les cefalosporines de tercera generació eren aprovades a Corea per al tractament d’infeccions de bacteris gramnegatius en animals de granja. El seu ús és la pressió selectiva que promou l’aparició de gens ESBL. La cosa empitjora perquè hi ha transferència horitzontal de gens de resistència, la qual cosa acaba promovent l’aparició de soques bacterianes multiresistents. La transferència horitzontal és facilitada pel fet que la majoria de gens de resistència es troben en plàsmids amb elements mòbils.
Lligams:
- Evolutionary trends and genetic determinants of third-generation cephalosporin resistance in Escherichia coli from Korean livestock: a 14-year longitudinal study, 2010–2023. Ji-In Kim, Ji-Hyun Choi, Md. Sekendar Ali, Md. Sekendar Ali, Bo-Youn Moon, Hee-Seung Kang, Ha-Young Kim, Yu-Jeong Hwang, Yeon-Hee Lee, Min Young Kim, Jae-Myung Kim, Tatsuya Unno, Suk-Kyung Lim. Front. Microbiol. (2026).






