dimecres, 6 de gener de 2021

Les principals variants en curs de SARS-CoV-2

Passades les festes, una nova onada de restriccions acompanya l'onada prèvia d'expansió del SARS-CoV-2. És un escenari que ja hem vist en el mes de juliol i en el mes d'octubre, però ara es veu complicat pel fet que sembla rellevant el paper de la diversitat genètica interna del virus. Fins ara, hom havia tractat les variants del SARS-CoV-2 com un aspecte que ajudava a traçar l'expansió de la pandèmia, però algunes d'aquestes variants tindrien un comportament epidemiològic diferent, i per això hom parla de "variants de preocupació" (VOC en l'acrònim anglès).

En la premsa, sentim parlar de "variant anglesa" o de "variant sud-africana", i és curiós que es faci això quan, en designar el SARS-CoV-2 hom evità la típica referència geogràfica de "virus de Wuhan".

Per tal d'oferir una nomenclatura més manegable i neutra de les variants de SARS-CoV-2, Trevor Bedford, Emma B. Hodcroft i Richard A. Neher, de ARTIC Network, han revisat la seva estratègia de designació. Si fins ara el criteri per definir un clade de primer nivell era que assolís una freqüència global superior al 20% per 2 o més mesos, ara s'hi afegeix un criteri de freqüència regional, i un criteri que té en compte les "variants de preocupació".

Els clades principals tenen tots la designació de "20" en el sentit que s'originaren en l'any 2020. La llista actual de clades seria:
- 20A: és el llinatge pandèmic basal portador de la mutació S614G en la proteïna S. Té una distribució global.
- 20B: derivat del 20A es caracteritza per les mutacions N203K i N204R de la proteïna S i la mutació 50N de ORF14. Té una distribució global.
- 20C: derivat del 20A es caracteritza per les mutacions 57H de ORF3a i la 265I de ORF1a. Té una distribució global.
- 20D: derivat de 20B es caracteritza per les mutacions 1246I de ORF1a i 3278S de ORF1a. Es concentra a Amèrica del Sud, Europa del Sud i Sud-Àfrica.
- 20E: derivada de 20A, es caracteritza per les mutacions N220V de la proteïna S, 30L de ORF10, 67F i S222V de ORF14. Es concentra a Europa.
- 20F: derivada de 20B, es caracteritza per les mutacions 300F i S477N de ORF1a. Es concentra a Austràlia.
- 20G: derivada de 20C, es caracteritza per les mutacions 1653D de ORF1b, i 172V, N67S i N199L de ORF3a. Es concentra als Estats Units.
- 20H/501Y.V2: derivada de 20C, es caracteritza per les mutacions S80A, S215G, S484K, S501Y i S701V de la proteïna S. Es concentra a Sud-Àfrica.
- 20I/501Y.V1: derivada de 20B, es caracteritza per les mutacions S501Y, S570D, S681H de la proteïna S, i la 27* de ORF8. Es concentra al Regne Unit.

Cap comentari: